Meses después, y debido al excelente rendimiento que mostró sobre todo en la Copa Libertadores y el Torneo de Apertura, Matías fue escogido como lateral derecho del Equipo Ideal de América del año 2012, y postulado a Futbolista del año en Sudamérica. En el equipo de la ribera vivió sus mejores momentos como profesional, ganando una buena cantidad de títulos nacionales e internacionales, siendo parte fundamental en la obtención de estos y volviéndose un ídolo para los aficionados de su equipo, además de jugar a nivel internacional con la Selección argentina la Copa América 2004, la Copa Mundial 2006 y la Copa América 2007. Fue campeón del mundo con Boca en el año 2003 cuando disputó la Copa Intercontinental 2003 frente al AC Milan de Italia, siendo fundamental en la obtención de este título, al convertirse en el héroe de la tanda de penaltis, parándole disparos a Andrea Pirlo y a Alessandro Costacurta. Jugó la mayor parte de su carrera en Boca Juniors, donde permaneció durante 10 temporadas y media, desde 1997 hasta 2006 y desde 2009 hasta 2010. Destacaba por sus grandes reflejos, presencia y por su habilidad para detener tiros desde el punto del penal. Boyacá Chicó fue sancionado con la anulación del punto que conseguía hasta ese momento, siendo suficiente el empate 2 a 2 en Barranquilla (después de estar el partido 0-2 en contra de Junior) para lograr clasificar a las semifinales, donde enfrentaría a Millonarios en una serie épica donde Junior perdió 3-0 en Bogotá y remontó con el mismo marcador en Barranquilla, definiendo la clasificación desde los penales, donde Junior se impuso 5-4, camisetas de futbol baratas en un partido donde la afición se hizo sentir.
En este equipo tuvo grandes actuaciones, que lo llevaron a ganarse el cariño de toda su afición. El 2011 sería la consagración de Matías Rodríguez, ya que en este año se ganaría la titularidad indiscutida. Tras su paso por LASK Linz , firmó en Nacional de Uruguay, donde finalmente logró la consolidación y la titularidad permanente. Asimismo, es el máximo campeón de la Copa Intercontinental (3) a nivel mundial, junto con Peñarol y Nacional de Uruguay, Milan de Italia y Real Madrid de España. Al final siguió en el club italiano, su primer partido fue contra el Hellas Verona por la Copa Italia. Los simpatizantes de aquel club lo recuerdan por ser el autor del gol definitorio en la final de la Copa de Francia de 1977, enfrentando al AS Saint-Étienne. Asimismo, al mes siguiente convirtió el primer gol con que la «U» venció 2-1 a Atlético Nacional de Medellín en Santiago, y dos tantos en la goleada 5-0 de «los azules» ante Colo-Colo en el Clásico del fútbol chileno del 29 de abril de 2012. Posteriormente, Matias se proclamó tricampeón del fútbol chileno con la «U», al ganar en tanda de penales a O’Higgins de Rancagua. Apenas la tocó 17 veces en ese partido y fue suficiente para convertir un gol para el equipo xeneize.
En el año 2019 el grupo musical Bombai realizó la canción de celebración del Centenario, titulado «Eterno Junto a Ti» el cual sonó durante todo ese año, en la final de copa y en la celebración de la misma tras ganarla. Eliminó a los últimos tres campeones de la Liga en cuartos, semis y final. Quedó eliminado en primera fase de Copa Libertadores, a pesar de haber derrotado como visitante a São Paulo, perdió la final del Torneo de Apertura frente a Cobresal, y escoltó a Universidad Católica en el torneo local, aunque logró ganar la liguilla de Copa Libertadores. Para el año 2010, fichó por Universidad de Chile. Los clubes que lo pretendían era Boca Juniors y la Universidad de Chile. ↑ Historia de Boca Juniors. Volvió a Boca Juniors y un equipo uruguayo se fijó en él, Nacional de Uruguay. Boca Juniors, cuyas finales, sin embargo, se disputaron en 1946: como el primer cotejo, el 24 de marzo, terminó igualado 4-4 luego de 30 minutos de prórroga, los equipos se enfrentaron en un partido desempate, el 18 de diciembre, una vez finalizada la temporada oficial de Primera División. Cada uno de los dos equipos consta de un máximo de 11 jugadores y un mínimo de 7. Durante el partido se podrán cambiar a estos jugadores por otros, los denominados suplentes o sustitutos.
Luego en el mismo mes anotó tres de los tantos en la victoria del conjunto chileno por 6-0 ante el club Audax Italiano jugando de visita, siendo su primer partido en anotar una tripleta. El conjunto italiano ofrecía 3,2 millones de dólares, oferta que desde un principio Azul Azul no aceptó. Finalmente, Matías se despidió con la hinchada azul el 1 de febrero en un partido contra Audax Italiano (partido que el equipo azul ganaría 1-0), válido por el Torneo Transición 2013. El jugador fue despedido entre aplausos por sus tres años en «La U», donde fue pieza clave de gran parte de los éxitos conseguidos. Finalmente el equipo italiano sube la oferta a 4,2 millones, dejando satisfechos al directorio de Azul Azul y así confirmando la llegada del jugador argentino a la Sampdoria el día 26 de enero. A inicios del 2013, el club italiano Sampdoria se interesó en contar con sus servicios, haciendo ofertas formales por él en el mes de enero. En el acta labrada el 29 de julio de 1967 regreso a su denominativo Club, similar al folleto de su aniversario en 1913, dónde también coincide el mismo mes de su fundación en 1912 (julio).