Le tocó el CD Tudelano, campeón del grupo navarro de Tercera División. Ni siquiera cuando el Atlético Baleares rozaba el ascenso directo a Segunda División A la recaudación en taquilla era mínimamente ilusionante. Entonces la Tercera División balear tenía un nivel inferior en relación con otros grupos y el Atlético Baleares no fue una excepción. Como sucedió dos años antes, el equipo consiguió el campeonato de liga de Tercera División y se clasificó para jugar la promoción de ascenso. La temporada 2009-10 comenzó con los mismos objetivos de dos años antes: campeonar y ascender. Fue su sexta temporada en la categoría. El equipo se mantuvo tres temporadas en la categoría (1987-88, 1988-89 y 1989-90) e incluso a lo largo de la temporada 1988-89 estuvo muy cerca del liderato que entonces proporcionaba el ascenso directo a Segunda División A, pero fue un espejismo: el club descendió nuevamente a Tercera División en la temporada 1989-90 al quedar colista de su grupo. El 5 de mayo de 2011 una asamblea extraordinaria de socios aprobó la conversión del club en Sociedad anónima deportiva por una amplísima mayoría, con el objetivo de ascender al club a Segunda División A a corto plazo. Al año siguiente, el 21 de marzo de 2015 se llevó a cabo una ampliación de capital social de tres millones de euros que reafirmó el dominio de la nueva propiedad.
El 21 de marzo de 2023, diez barristas invadieron la cancha del Estadio Alfonso López mientras se jugaba el partido Atlético Bucaramanga vs Deportes Tolima e intentaron desplegar una pancarta para protestar por los manejos administrativos del club. Tal y como había ocurrido en el proceso rumbo a Montreal 1976, una serie de éxitos precedieron la actuación de la selección mexicana en Londres 2012. El equipo dirigido por Luis Fernando Tena había obtenido la medalla de oro en los Juegos Panamericanos de Guadalajara 2011, el Pre-Olímpico de Concacaf y el título del Torneo Esperanzas de Toulon, todo ello acumulando 13 victorias, un empate y solo una derrota con un total de 42 goles marcados, además de contar con la presencia de una generación de jugadores con actuaciones sobresalientes en mundiales infantiles, juveniles y mayores, experiencia en torneos de Primera División de México y el extranjero. Pero una reestructuración de la Segunda División B, que se ampliaría de dos a cuatro grupos, vino a favorecer al club y el equipo ascendió en la temporada 1986-87. Con la reforma ascendieron directamente los dos primeros clasificados (el equipo quedó segundo), así que puede decirse que este segundo ascenso a Segunda B no estuvo exento de mérito deportivo, a diferencia del primero que fue esencialmente administrativo.
Bajo la denominación de Selección Cantábrica, el combinado astur-cántabro disputó cuatro partidos oficiales entre 1917 y 1918 en la Copa del Príncipe de Asturias, competición oficial organizada por la Federación Española, que enfrentaba entre sí a las selecciones de las distintas federaciones regionales. La Selección no superaría la primera ronda de esa Copa. El equipo de baloncesto gana la Copa del Rey y la Lliga Catalana de Bàsquet. En su retorno a Segunda División B en la temporada 2010-11 el equipo consiguió la permanencia matemática a falta de dos jornadas. La temporada 2006-07 fue planificada como un año de transición, de consolidación en Tercera División y apuntalar el proyecto deportivo a todos los niveles. Tan solo un año el equipo después del ascenso el equipo volvía de nuevo a la Tercera División a falta de dos jornadas para acabar la liga. La crisis institucional que sufría el club, con la marcha de los principales inversores y la supervivencia del club en entredicho, obligaron a confeccionar un equipo modesto económicamente y para mantener la categoría; pero desde el principio se situó en los primeros lugares de la clasificación, e incluso fue líder en bastantes jornadas. A nivel institucional, después de que 2013 los principales accionistas de la entidad, el presidente Fernando Crespí y el empresario Bartomeu Cursach decidiesen dejar de apoyar económicamente el proyecto blanquiazul, el club entró en una crisis institucional y económica que desembocó en la intervención judicial del mismo.