En la misma se planteó la creación del Fútbol Profesional Colombiano y se aprobó como fecha de iniciación del campeonato el 15 de agosto. Ocupó el quinto lugar y durante gran parte del campeonato estuvo de segundo. Si bien durante la década de los setenta, donde dominaban el Granollers, el Calpisa y el Atlético de Madrid, solo se alcanzaron dos copas y una liga, lo que sería el comienzo de la mejor época en la historia de la sección. Ante la Dimayor, el nombre del equipo jamás cambió y la ficha que ocupó era, en efecto, la del Atlético Nacional. Esta decisión se tomó teniendo en cuenta que el equipo contaba con jugadores de todo el país y que esta denominación seguía más de cerca el lema adoptado por la institución desde su fundación oficial, «Por encima de todo la defensa y estímulo del jugador nacional». 2 Javier Manquillo Defensa 19 ? Era la época de El Dorado en la que llegaron a Colombia jugadores de toda América, entre ellos, varios que en aquel momento estaban entre los mejores del mundo, pero el club mantenía su política de tener únicamente jugadores nacidos en Colombia, conocidos como los «puros criollos», esto lo situó en franca desventaja frente al resto de equipos que se habían reforzado con extranjeros.
En 1958 los dirigentes del club hicieron una declaración en la que se informaba que solo se le renovaría el contrato a cinco jugadores, dejando al resto en libertad de escoger dónde jugar ese año. Pero a principios de 1956 se presentó la primera crisis que amenazó con acabar el equipo; en abril de ese año se llegó inclusive a liquidar a todo el plantel de jugadores. Por ejemplo, en 1919, ocurrió el Escándalo de los Medias Negras, en donde ocho jugadores del equipo fueron expulsados de las Grandes Ligas de Béisbol por perder intencionalmente la Serie Mundial, al ser sobornados por apostadores. Uniforme titular: Camiseta verde, pantalón verde y medias blancas. El Verde se coronó campeón el 26 de septiembre de 1954, ante su rival de plaza, el Medellín, al que le ganó 1-0 con gol de «Turrón» Álvarez, a los 57 minutos. Tras el título de 1954, Nacional continuó con extranjeros y en 1955 logró cumplir con una buena campaña.
El 10 de octubre, Nacional venció como visitante 2-6 al América en la ciudad de Palmira, y dio su primera vuelta olímpica. Primera victoria de Corea del Sur en la Copa Mundial Femenina Sub-19. Fernando Paternoster, camiseta fútbol quien como jugador fue subcampeón del mundo en 1930 con la Selección Argentina. En el último partido de grupo, Italia necesitaba obligadamente una victoria, que lograría finalmente derrotar por 2-0 a la selección francesa, con goles de Andrea Pirlo y de Daniele De Rossi; además, los franceses hubieron de jugar gran parte del encuentro con un jugador menos debido a la temprana expulsión de Éric Abidal tras cometer falta a Luca Toni, y que se agravó con la lesión de Franck Ribéry. Además, se dio a conocer conocer tanto el logotipo del centenario como los diseños de las camisetas conmemorativas del Centenario, que recuperaban los anagramas del club de 1917 y de Altos Hornos de Vizcaya, y convirtiendo en dorado el amarillo. En enero de 1960, tras dos años en los que la administración del equipo estuvo en manos de los jugadores (1958 y 1959), se anunció un relevo en la dirección del Nacional y los antiguos dirigentes retomaron la riendas del equipo. Los jugadores no cumplieron las expectativas, el equipo terminó en la décima posición y en otra crisis económica.
“Si bien es cierto que lo mismo el Deportivo que el Stadium tienen elementos de gran valía, la fusión no daría los resultados apetecidos si en el equipo que se formara no figuraran los nombres de Oscar y Zabala, ambos indiscutibles para formar parte de un once de verdadera potencia. Los malos resultados deportivos de aquel año se convirtieron en malos resultados económicos al inicio del siguiente, y el equipo se vio nuevamente al borde de la desaparición. Sin embargo, algunos jugadores, liderados por Humberto «Turrón» Álvarez y Ricardo Ruíz, idearon una forma de alquilar la ficha del equipo ante la Dimayor, se asociaron utilizando las denominadas «Natilleras», práctica común en Antioquia que consiste en un grupo de personas que aportan dinero con el fin de lograr un objetivo común, gracias a esto, los jugadores recibieron el dinero de las taquillas, de allí pagaron los gastos del equipo y el alquiler de la ficha, y se repartieron lo poco que quedaba.