En el Torneo Apertura 2013, el Atlético Marte realizó su mejor desempeño en los torneos cortos del fútbol salvadoreño, ya que lideró la tabla de clasificación al término de la primera fase, por lo que logró entrar a semifinales, algo que no había sucedido desde el Clausura 1999. Bajo la dirección del técnico nacional Guillermo Rivera, el equipo se mantuvo invicto hasta la penúltima jornada, ya que cayó derrotado ante la Universidad de El Salvador en la fecha final de las dos vueltas de clasificación. El Marte tenía entre sus filas a renombrados jugadores como Carlos «Cacho» Meléndez, José Luis Rugamas, Ramón Fagoaga, Marcial Turcios, Guillermo Ragazzone, José María «Mandingo» Rivas, y los uruguayos Raúl Esnal y Mario Figueroa. Entre las temporadas 1986/87 y 1990/91 el Atlético Marte tuvo tres clasificaciones a semifinales, pero en noviembre de 1991 clasificó al torneo Recopa de la Concacaf tras superar al Luis Ángel Firpo.
1991 Club Atlético Hasenkamp ? Tres años después, en la temporada de 1985, los «Mustang azules» se ubicaron al tope de la tabla tras las dieciocho jornadas, y clasificaron a la fase final junto al Club Deportivo Águila, Alianza Fútbol Club y Club Deportivo Luis Ángel Firpo, y entre ellos jugaron otra ronda de todos contra todos desarrollada en el estadio Cuscatlán. En este juego, el conjunto salvadoreño contó con el refuerzo de Luis «Cascarita» Tapia. El conjunto de Tarragona permanecería en la élite hasta la temporada 1952/53 en la que volvió a perder la categoría para volver a jugar en la Tercera División. El campeonato de Primera División A (se jugó a dos ruedas) comenzó el 20/5 y Argentino de Temperley no empezó para nada bien cayó goleado en Olavarría y Luna 3-0 frente a Barracas Central. En la primera fase realizada en Guatemala, logró el primer puesto del grupo al batir a Real Estelí (3-0) y al Saprissa (1-0), y empatar con Comunicaciones (1-1); y en la fase final, también desarrollada en Guatemala, terminó como el campeón del evento regional al imponerse a la Universidad de Guadalajara (1-0), y al Racing Club de Haití (4-1), y pese a la derrota con el Comunicaciones (0-1). Este triunfo ha sido el último alcanzado en un evento oficial de Concacaf por parte de un equipo salvadoreño.
El mismo año participa del preolímpico de fútbol de los Juegos olímpicos de Sdney 2000, en donde estuvo en el grupo 7 junto a Vietnam, Birmania, China, Malasia, Nepal y Filipinas, en partidos de ida y vuelta logró superar a todos las selecciones mencionadas anteriormente salvo a China quien le ganaría los dos encuentros (0-1 y 2-0), como consecuencia de estos resultados quedaría en segundo lugar y eliminado de la siguiente ronda de clasificación. En la final a doble juego en Paramaribo ante SV Transvaal, perdió el primer juego (0-1) y empató el segundo (1-1), por lo que se agenció el subcampeonato regional. Dicho juego se llevó a cabo el 14 de junio en el estadio Cuscatlán, en el que el «equipo bandera» se agenció el título de la Liga de Ascenso y por tanto el retorno a la Primera División, camisetas de fútbol baratas al superar al rival por la mínima diferencia. Por tanto, para lograr el ansiado retorno a la máxima categoría debía ganar también el Clausura 2009, camiseta de futbol pero el objetivo no se cumplió al quedar en semifinales. La suerte no mejoró en el Clausura 2015 con dos entrenadores extranjeros -«Chiqui» García y Daniel Fernández- y tras una cerrada disputa por el último lugar de la tabla general con el Pasaquina F. C., los marcianos acabaron a un punto del conjunto oriental para abandonar nuevamente la Primera División.
Sumado a esto el recambio de entrenadores tampoco solventó la situación: Carlos Meléndez, Douglas Vidal Jiménez, Juan Sarulyte y Efraín Burgos se sucedieron para tomar la dirección del banquillo, pero a la llegada de la vigésima jornada del Clausura 2016 la UES se despegó a ocho puntos de distancia en el fondo de la tabla acumulada, con solamente seis en disputa en el campeonato, lo que sentenció el tercer descenso del cuadro bandera a la Segunda División. El Marte se impuso al conjunto de Santiago de María con marcadores de 2-1 y 3-1. Lo más destacado de esta sexta corona era que la plantilla «marciana» se encontraba integrada únicamente por jugadores nacionales, entre ellos: Carlos Cañadas como portero; Milton Campos, Jorge Peña y Ramón Fagoaga como defensores; Norberto Huezo en la zona media; y Miguel González junto a Jorge Salomón Campos como atacantes. Por tanto, era necesario decidir el triunfador en tiempo extra sin importar el marcador de los dos juegos, en el que el Atlético Marte encajó dos goles y se alzó con la octava corona. La temporada 1975/76 el filial logró finalizar sexto, puesto que durante mucho tiempo fue su techo histórico. El Marte ganó en el tiempo regular 3-2, pese a la ausencia de varios importantes jugadores por expulsión en el encuentro anterior.