Pero el hecho definitivo para su alejamiento fue el modo en que Boca perdió el campeonato. Estudiantes empató en el segundo tiempo con gol de José Sosa y, a 10 minutos del final, Mariano Pavone hizo el segundo gol que le dio el campeonato al equipo de La Plata. El partido de desempate se jugó en el José Amalfitani el 13 de diciembre. En diciembre de 2017 fue contratado por la Universidad César Vallejo por el 2018 logrando campeonar y ascender a Primera. Luego del bochornoso final de Benítez, todo indicaba que sería contratado Julio César Falcioni, favorito de los hinchas para hacerse cargo del equipo. La final la disputó ante Pumas de la UNAM. Para cerrar el año, Adidas lanzó una camiseta especial que fue estrenada en noviembre ante Perú en La Bombonera. Boca ganó 2:1 el partido de ida en La Bombonera y empató el partido de vuelta 2:2, obteniendo la copa. Boca venció a San Lorenzo y perdió frente a Tigre, pero igualmente festejo en La Bombonera. El juvenil Lucas Viatri, con 8 goles, camisetas valencia fue el jugador de Boca que mayor cantidad de goles convirtió para el equipo.
La figura excluyente de Boca fue Juan Román Riquelme, que no solo condujo el equipo, sino que fue el goleador de Boca en el torneo con 8 goles. La disputaron los cuadros argentinos de Boca Juniors, ganador de la Copa Libertadores 2007, y Arsenal, vencedor de la Copa Sudamericana 2007. Ambos se enfrentaron en partidos de ida y vuelta, desarrollados los días 13 y 27 de agosto de 2008 en los estadios Presidente Perón y Alberto J. Armando, respectivamente. En el primer partido, el 10 de mayo, en Montevideo, terminó 0-0. El de vuelta, el 17 de mayo, terminó 6-0 a favor de los colombianos, y de esta forma obtuvo el cupo a la final. El rival de la final fue el Grêmio. Boca Juniors se coronó campeón del torneo al superar a su rival con un global de 5-3, y logró su cuarto título en la competencia, récord que a la fecha no ha podido ser alcanzado por ningún otro club. Boca tuvo muchos problemas para clasificar y solo lo logró en la última fecha al derrotar 7:0 a Bolívar de local en el estadio de Vélez Sarsfield, resultado que constituye la victoria internacional récord del club.
Club Atlético Malagueño: (1948-94) El antiguo equipo filial, nuevo titular malaguista tras la liquidación del CD Málaga. Basile había sido uno de los grandes futbolistas argentinos en las décadas de los 60 y 70, integrando dos famosos equipos: el Racing campeón mundial «de José», y el Huracán campeón argentino del 73. Como técnico había tenido una extensa carrera dirigiendo entre otros a Rosario Central, Racing, San Lorenzo, Vélez, América, Nacional y el Atlético de Madrid, así como la Selección de fútbol de Argentina bicampeona de América (1991 y 1993) y en la Copa Mundial de Fútbol de 1994, en la que Maradona fue sancionado por dopaje. Con todos estos logros y después de la eliminación de la Argentina en el mundial de Alemania, Alfio Basile fue convocado por la AFA para dirigir a la Selección de la Argentina. El sucesor de Basile fue el extécnico de la Selección Mexicana y campeón del Mundial de Fútbol de 1978 con la Selección de fútbol de la Argentina, Ricardo La Volpe. Allí, Once Caldas ganó 2:1 y Boca se consagró campeón.
A los 4 minutos, Boca se puso 1:0, con gol de Martín Palermo. En la semifinal, enfrentó al Étoile du Sahel, a quien venció 1:0, y clasificó para jugar la final. El rival fue el Once Caldas, equipo con el cual perdió la final de la Libertadores del año anterior. Tras 1 año en la Serie A, volvió a la Serie B tras perder ante Emelec por 4 a 0 con que el equipo atunero perdió la categoría y descendió a la Serie B en medio de la debacle del equipo mantense, donde la fiel y multitudinaria hinchada apoya al equipo en definitiva hay que destacar ese maravilloso ejemplo de fidelidad de su hinchada para el Manta Fútbol Club. Al año siguiente, el Boca de Basile obtuvo el Torneo Clausura, llegando a su cuarto título al mando del equipo boquense. En el primer partido Boca obtuvo un empate por 1:1 en el Azteca.